治疗生殖器疱疹，迄今还没有特效药物，也没有防止复发的特效药。常用的治疗方法有：
(1)药物治疗：首选药物叫无环鸟苷，此药可减轻全身症状和疼痛，缩短病程，一般口服即可，严重者可静脉注射；第2种药叫异丁苯丙酸，有抑制疱疹病毒的作用，口服用药；第3种药叫病毒唑，可减轻症状；第4种药叫病毒灵(吗啉呱);第5种药叫阿糖胞苷。均可酌情选用。
(2)免疫治疗：牛痘苗、卡介苗和小儿麻痹糖丸，均可用作生殖器疱疹的免疫治疗，对减少复发有一定作用。也有的使用干扰素、转移因子、胎盘球蛋白等，以提高机体免疫力。据报道，目前正在试制疱疹病毒疫苗，以预防和减少复发。
(3)局部治疗：目的是防止患处感染,保持患处清洁干燥。一般用1：5000高锰酸钾坐浴或浸洗患处；也可用3%的双氧水溶液清洗患处；或用0.5%的阿糖胞苷溶液涂患处。有的使用无环鸟苷、疱疹净霜、复方新霉素膏、红霉素膏外用，均有一定效果。
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